Los jugadores asumirán el rol de Keisuke Amazawa, quien ha sido acusado de crímenes que no cometió. Para limpiar el nombre de Keisuke, deberán entrar en el mundo digital y descubrir qué fue lo que ocurrió.
En esta aventura, los jugadores encontrarán diferentes personajes, como hackers llamados Erika Mishima, Chitose Imai, y Nokia Shiramine. Estos personajes, así como también otros, pueden proveer pistas que ayuden a Keisuke a conocer el verdadero misterio del juego. A lo largo del título, los jugadores podrán escanear, criar y entrenar más de 300 Digimon, para así crear su equipo que enfrente a otro grupo de estas criaturas.